Die sog. Einöde (geschlossene Fläche beisammen liegender bäuerlicher Anwesen) Lautern wurde 1225 urkundlich erwähnt. Der Ort bestand über Jahrhunderte nur aus einer Kirche, einem Pfarr- und Mesnerhaus, einigen Mühlen und einem Gasthaus. Diesen Charakter hat sich Lautern bis heute bewahrt. Vermutlich wurde die Markung erst mit dem Bau der Burg Lauterstein durch die Staufer im Hochmittelalter gebildet. Der Ort hatte weder eine Gemeindeverwaltung noch Gemeindevermögen. Ackerbau konnte im Lautertal nicht betrieben werden. Nur teuer erkaufte Äcker auf den Höhen Wippingens und Bermaringens erlaubten bescheidenen Anbau. Die Talwiesen reichten aber auch für eine angemessene Beweidung nicht aus. Somit bildeten die vier Mühlen den Hauptwirtschaftszweig.
Aber die territoriale Abschließung verschlechterte auch diese Erwerbsmöglichkeit, weil die meisten Bauern der württembergischen Nachbarorte, außer Wippingen, auf bestimmte Mühlen gebannt wurden. Zusätzlicher Schaden entstand durch die wiederholten Fruchtsperren zwischen Württemberg und der Reichsstadt Ulm. Erst durch die Veränderungen im Napoleonischen Zeitalter anfangs des 19. Jahrhunderts änderten sich die Verhältnisse durch die Öffnung der Grenzen und die Abschaffung der Mühlbannrechte. 1219 ist ein Ritter Eberhard von Lauterstein auf der nahegelegenen Burg nachweisbar. Ende des 14. Jahrhunderts dürften die Freybergs zu Bach die Burg und den Ort übernommen haben. 1484 traten die Herren von Bernhausen die Nachfolge der Bachs an, verkauften die Lauterner Güter 1516 jedoch an das Kloster Blaubeuren.
Dieses Ereignis markierte eine Wende in der Ortsgeschichte: Die alten Verbindungen zu Herrlingen wurden abgeschnitten. Lautern wurde Bestandteil des altwürttembergischen Territorial- und Ständestaates. Erst mit der Aufhebung der altwürttembergischen geistlichen Sonderverwaltung im Jahr 1805 kam die Einöde zum Oberamt Blaubeuren. Seit 1829 galt Lautern als Wippinger Ortsteil. Die förmliche Eingemeindung erfolgte jedoch erst mit der Annahme eines Ortsstatuts im Jahr 1854. Die Gemeindeordnung von 1930 hob die Sondermarkung Lautern auf. Der Ort verlor seinen Teilortsstatus. Alle Veränderungen, denen Wippingen im 20. Jahrhundert unterworfen war, trafen damit auch auf Lautern zu.
