Wippingen begann einst als ein reines Bauerndorf, in dem die Landwirtschaft eine zentrale Rolle spielte. Das System der Dreifelderwirtschaft, bei dem die Felder abwechselnd bestellt und brachlagen, prägte die Landschaft und sicherte die Erträge. Diese geordnete Bewirtschaftung war das Fundament einer funktionierenden Dorfgemeinschaft, die von mehreren Ortsherren verwaltet wurde – eine Art gemeinsames „Condominium“, trotz gelegentlicher Differenzen.

Die landwirtschaftliche Vielfalt war beeindruckend: Verschiedene Getreidesorten, Linsen, Flachs und Hanf dominierten die Felder, während die Schafzucht einen bedeutenden wirtschaftlichen Pfeiler darstellte. Doch auch das Handwerk florierte: Weber, Schneider, Schmiede, und viele andere arbeiteten überwiegend für den lokalen Bedarf, oft im Dienst der Ortsherren. Ein kommunal betriebener Steinbruch war ein weiteres Standbein der Gemeinde.

Schon früh war Wippingen ein strategisch bedeutender Ort: Im 11. Jahrhundert lag das Dorf an der Grenze zwischen den Herrschaftsgebieten der Grafen von Tübingen und den Herren von Ravenstein-Stubersheim. Im Laufe der Jahrhunderte wechselten die Besitzverhältnisse mehrmals, etwa an die Grafen von Helfenstein und die Reichsstadt Ulm, bevor schließlich auch das Haus Württemberg Anteile am Ort erwarb.

Die Besitzungen der Ravenstein-Stubersheim kamen zunächst an das Kloster Elchingen und wurden danach an die Grafen von Werdenberg, an die Herren von Westerstetten und den Deutschorden der Kommende Ulm (1334) weitergereicht.

Auch die Söflinger Klosterfrauen konnten bereits im 14. Jahrhundert Güter erwerben. Im 15. Jahrhundert kamen mit den Stein von Klingenstein, Burkhard von Freyberg zu Bach (Herrlingen), den Schenken von Winterstetten und Hans Simon von Stadion zu Arnegg weitere Herren zu Grundbesitz.

Um die Mitte des 16. Jahrhunderts fand die Herrschaftsbildung ihren vorläufigen Abschluss. Als die bedeutendsten Ortsherren sind die Württemberger, das Deutsche Haus in Ulm, das Kloster Söflingen, die Herrschaft Arnegg und die Reichsstadt Ulm zu nennen. Durch den Übergang Ulms an Bayern wurde Wippingen für kurze Zeit zweigeteilt: Bayern erhielt die Güter der ehemaligen Reichsstadt Ulm, des Deutschen Hauses und der Herren von Bernhausen (Herrlingen), Württemberg hatte neben seinen altwürttembergischen Gütern noch die Herrschaft Arnegg.

1810 wurde der ganze Ort württembergisch und wurde dem Oberamt Blaubeuren zugeteilt. Mit der Auflösung des Oberamts im Jahr 1934 wurde Wippingen 1938 in den Landkreis Ulm eingegliedert. Durch die Kreisreform von Baden-Württemberg 1973 wurde die Gemeinde Teil des neu gebildeten Alb-Donau-Kreises.

Im Zuge der baden-württembergischen Gemeindereform kam der Ort am 1. Oktober 1974 nach Blaustein. Wippingen ist auch heute noch durch die Landwirtschaft geprägt. Seit einigen Jahren ist im Ort ein Gewerbegebiet ausgewiesen. Darüber hinaus gewinnt der Ortsteil als Wohngemeinde an Bedeutung.